Die Amazon Web Services (AWS) und das U.S. National Institutes of Health (NIH) haben die komplette Datenbank des 1000 Genomes Project als Public Data Set in die Amazon Cloud migriert. Damit haben Wissenschaftler nun ständigen Zugang zu 200 Terabyte an genetischen Daten zur Erforschung von Krankheiten. Ein weiterer idealer Anwendungsfall für Cloud Computing und Big Data.
Die Kooperation, die offiziell während des White House Big Data Summit angekündigt wurde, ermöglicht es Wissenschaftlern kostenlos auf die weltweit größte Sammlung von Daten zur Humangenetik zuzugreifen Bei dem 1000 Genomes Project handelt es sich um ein internationales Forschungsprojekt, das von einem Konsortium bestehend aus 75 Unternehmen und Organisationen koordiniert wird. Das Ziel des Projekts ist die Erstellung des detailreichsten Katalogs von genetischen Variationen bei Menschen.
Dazu hat das Projekt bereits 200 Terabyte an genetischen Daten inkl. DNS Sequenzen von mehr als 1.700 Personen gesammelt, auf die Wissenschaftler nun kostenlos über die AWS Cloud zugreifen können. Das Projekt verfolgt das Ziel die Gene von weltweit über 2.600 Individuen aus 26 Bevölkerungen bereitzustellen. Das 1000 Genomes Project startete 2008 mit ein paar Terabytes an Daten in seine Pilotphase. Bereits 2010 wurde ein kleiner Teil als Public Data Set auf AWS veröffentlicht.
Bei den Amazon Public Data Sets handelt es sich um ein öffentliches zentrales Repository von unterschiedlichen Daten, die auf Amazon S3 und Amazon EBS gespeichert sind. Auf diese Daten kann direkt zugegriffen werden, z.B. über Amazon EC2 oder Amazon EMR (Elastic MapReduce) ohne diese großen Datenmengen auf lokale Server herunterzuladen.
Amazon hat neben dem 1000 Genomes Project ebenfalls Public Data Sets vom NASA Jet Propulsion Laboratory, Langone Medical Center an der New York University, Unilever, Numerate, Sage Bionetworks oder Ion Flux gespeichert.
Die Nutzung der Public Data Sets ist kostenlos. Kosten entstehen für die Verarbeitung der Daten auf der Amazon Cloud wie z.B. Amazon EC2.
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Bildquelle: http://www.ige3.unige.ch
